Дирекция „Административно-правно, финансово и стопанско обслужване“
Директор
Галина Тренчева-Николова

Дирекция „Медицински дейности“
Директор
д-р Илиана Манова-Дукова

Дирекция „Надзор на заразните болести“
Директор
Д-р Веселка Мончева
Отдел „Медицински изследвания“
началник: д-р Янита Стоева
Отдел „Противоепидемичен контрол“
началник: д-р Линка Бухова

Дирекция „Обществено здраве“
Директор
Д-р Мария Станчева
Отдел „Държавен здравен контрол“
началник: инж. Йорданка Янчева
Отдел „Лабораторни изследвания“
началник: Бойка Стойкова
Отдел „Профилактика на болестите и промоция на здравето”
началник: Бианка Равначка